La mayoría de las vacunas contra la COVID-19 se administran mediante una inyección en la parte superior del brazo, lejos de cualquier vaso sanguíneo importante. Una vez inyectada, las células musculares alrededor del lugar de la inyección expresan la proteína espicular y provocan así una respuesta inmunitaria del organismo. Una gran parte de la dosis restante en el brazo drena, a través de nuestro sistema linfático, hacia el hígado y luego es destruida por las enzimas allí presentes. Una proporción muy pequeña puede acabar finalmente en otros tejidos o en el torrente sanguíneo. 

La mayoría de las personas se infectan por el SARS-CoV-2 tras inhalar gotículas cargadas de virus de otras personas infectadas. En este caso, el virus infecta primero las células de las vías respiratorias y luego otras más profundas en los pulmones. Una vez en los pulmones, circula por el torrente sanguíneo hacia el resto del cuerpo. Esta infección provoca daños importantes en las células endoteliales de los pulmones. Causa inflamación e impide el tan necesario suministro de oxígeno a nuestra sangre. 

Es poco probable que los niveles circulantes extremadamente bajos de proteína espicular tras la administración de una vacuna contra la COVID-19 tengan tal efecto sobre las células endoteliales de los pulmones. De hecho, puede ofrecer una protección adicional a las personas vacunadas contra los síntomas más graves de la COVID-19, en el caso de una infección posvacunación. 

Estudios recientes llevados a cabo en animales han demostrado que la inyección en los pulmones de una gran concentración de proteínas espiculares por sí solas (no el propio virus vivo) puede causar un daño significativo a estas células endoteliales. Aunque estos resultados proporcionan cierta información útil sobre la naturaleza de la infección por COVID-19, no son directamente informativos por lo que atañe a los efectos secundarios en las personas vacunadas. 

Otros efectos secundarios observados en las vacunas basadas en vectores virales (por ejemplo, la de AstraZeneca y la de Johnson & Johnson), incluidos los raros coágulos de sangre en un pequeño número de receptores, pueden estar relacionados con fuertes respuestas inflamatorias y reacciones a ciertos conservantes en las vacunas. Si bien es necesario seguir estudiando esta cuestión, la Agencia Europea de Medicamentos ha autorizado el uso de ambas vacunas en adultos, ya que la importante protección contra la COVID-19 que ofrecen las vacunas supera los posibles efectos secundarios poco frecuentes que afectan a un pequeño número de personas. 

Un estudio reciente realizado en huéspedes animales demostró que la inyección de una gran cantidad de la proteína espicular del SARS-CoV-2 (no el virus vivo) directamente en los pulmones podía causar daños pulmonares. Esto ha sido malinterpretado por algunos que han entendido que estos resultados dictan que las actuales vacunas contra la COVID-19 son inseguras. 

Por otra parte, se están investigando los casos de coágulos sanguíneos observados en una proporción muy pequeña de personas a las que se administraron las vacunas basadas en vectores virales de AstraZeneca y de Johnson & Johnson. Todas las vacunas que se utilizan actualmente contra la COVID-19 han sido sometidas a un riguroso proceso de desarrollo y homologación, con sistemas de seguimiento de los acontecimientos adversos.