अधिकांश कोविड-19 टीके किसी भी प्रमुख रक्त वाहिकाओं से दूर, हमारे ऊपरी बाँह में इंजेक्शन द्वारा दिए जाते हैं। एक बार इंजेक्शन लगाने के बाद, इंजेक्शन स्थल के आसपास की मांसपेशी कोशिकाएं स्पाइक प्रोटीन को व्यक्त करती हैं, जिससे शरीर से प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया प्राप्त होती है। हाथ में बची हुई खुराक का एक बड़ा हिस्सा हमारे लसीका तंत्र के माध्यम से यकृत में जाता है और फिर वहां एंजाइमों द्वारा नष्ट कर दिया जाता है। एक बहुत छोटा अनुपात अंततः अन्य ऊतकों या रक्तप्रवाह में पहुंच सकता है। 

अधिकांश लोग अन्य संक्रमित व्यक्तियों द्वारा निकाली गई वायरस से लदी बूंदों को अंदर लेने के उपरांत SARS-CoV-2 से संक्रमित हो जाते हैं। इस मामले में वायरस पहले वायुमार्ग में कोशिकाओं को संक्रमित करता है, और फिर फेफड़ों में गहराई तक। एक बार फेफड़ों में जाने के बाद यह रक्त प्रवाह के माध्यम से शरीर के बाकी हिस्सों में फैल जाता है। इस संक्रमण से फेफड़ों की एंडोथेलियल कोशिकाओं को काफी नुकसान होता है। यह सूजन का कारण बनता है और हमारे रक्त में आवश्यक ऑक्सीजन की आपूर्ति को रोकता है। 

एक कोविड-19 टीके से फैलने वाले स्पाइक प्रोटीन के अत्यधिक निम्न स्तर से फेफड़े की एंडोथेलियल कोशिकाओं पर इस तरह के प्रभाव की संभावना नहीं है। यह वास्तव में "ब्रेकथ्रू" संक्रमण के मामले में कोविड-19 के अधिक गंभीर लक्षणों के खिलाफ टीकाकरण लेने वाले व्यक्तियों को अतिरिक्त सुरक्षा प्रदान कर सकता है। 

जानवरों में किए गए हाल के अध्ययनों से पता चला है कि अकेले स्पाइक प्रोटीन (स्वयं जीवित वायरस नहीं) की एक बड़ी सांद्रता को फेफड़ों में इंजेक्ट करने से इन एंडोथेलियल कोशिकाओं को महत्वपूर्ण नुकसान हो सकता है। हालांकि ये परिणाम कोविड-19 संक्रमण की प्रकृति के बारे में कुछ उपयोगी जानकारी प्रदान करते हैं, लेकिन वे टीकाकरण वाले व्यक्तियों में होने वाले दुष्प्रभावों के लिए सीधे तौर पर प्रासंगिक नहीं हैं। 

वायरल वेक्टर टीकों (जैसे एस्ट्राजेनेका और जॉनसन एंड जॉनसन) के साथ देखे गए अन्य दुष्प्रभाव, जिनमें कम संख्या में प्राप्तकर्ताओं में दुर्लभ रक्त के थक्के शामिल हैं, टीकों में कुछ परिरक्षकों के प्रति मजबूत शोथकारी प्रतिक्रियाओं से संबंधित हो सकते हैं। जबकि इसके लिए और अन्वेषण की आवश्यकता है, यूरोपीय चिकित्सा एजेंसी ने वयस्कों में उपयोग के लिए दोनों टीकों को मंजूरी दे दी है क्योंकि टीकों द्वारा दी जाने वाली कोविड-19 के खिलाफ महत्वपूर्ण सुरक्षा उन संभावित दुर्लभ दुष्प्रभावों से अधिक है जो कुछ व्यक्तियों में हो सकते हैं। 

जानवरों पर किए गए एक हालिया अध्ययन से पता चला है कि SARS-CoV-2 स्पाइक प्रोटीन (जीवित वायरस नहीं) की एक बड़ी मात्रा को सीधे फेफड़ों में इंजेक्ट करने से फेफड़ों को नुकसान हो सकता है। कुछ लोगों द्वारा इसकी गलत व्याख्या की गई है, जिन्होंने यह माना है कि परिणाम वर्तमान कोविड-19 टीकों को असुरक्षित बनाते हैं। 

एस्ट्राजेनेका और जॉनसन एंड जॉनसन वायरल वेक्टर टीकों को प्रशासित करने वाले व्यक्तियों में रक्त के थक्कों के मामलों में, जो की संख्या में बहुत कम थे, अलग-अलग जांच चल रही है। सभी टीके जो वर्तमान में कोविड-19 के लिए उपयोग में हैं, एक कठोर विकास और अनुमोदन प्रक्रिया से गुजरे हैं जिसमें प्रतिकूल घटनाओं का पता लगाने के लिए प्रावधान हैं।